بنیاد دانشنامۀ هزاره با بررسی نقدهای جلد اول و همچنین برنامه‌ریزی برای ویرایش دوم جلد اول به این نتیجه رسید که گسترش سازمان مدیریتی و علمی برای ادامۀ روند کار و همچنین بازنگری و اصلاح چاپ اول یک ضرورت است و به همین علت تغییراتی در آن داد که عبارت است از:
شورای علمی
بنیاد دانشنامۀ هزاره با آغاز بازنگری جلد اول دانشنامه و برنامه‌ریزی برای ویرایش دوم آن، تغییراتی در سازمان علمی انجام داد که در نتیجۀ آن شورای علمی دانشنامه از پنج نفر به نُه نفر افزایش یافت.
هیئت امنا
بنیاد دانشنامه به منظور شفاف‌سازی امکانات مالی و کمک‌های مردمی و همچنین جذب کمک‌ها برای تداوم پروژۀ عظیم دانشنامۀ هزاره هیئت امنای بنیاد را از میان فعالان اقتصادی و خیّران هزاره در سراسر جهان تشکیل داد.
شورای مشاوران
در دورۀ بازنگری و اصلاح جلد اول دانشنامه، برای مشورت‌خواهی دربارۀ برخی موضوعات و اتخاذ برخی سیاست‌های علمی در تدوین و نگارش مدخل‌ها، بنیاد دانشنامه شورای مشاوران را از میان محققان و پژوهشگران تشکیل داد.
گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی
به منظور ارزیابی تخصصی مدخل‌ها، بنیاد دانشنامه گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی را از میان متخصصان و محققان رشته‌های مختلف در پنج گروه تاریخ، جغرافیا، سیاست و تاریخ معاصر، فرهنگ و مهارت‌های ویژه تشکیل داد. این گروه‌ها خود دارای زیرگروه‌های موضوعی هستند.
گروه‌های منطقه‌ای
با توجه به وضعیت کنونی کشور که امکان اعزام گروه‌های تحقیق به منظور جمع‌آوری اطلاعات، مشاهدات عینی و انجام مصاحبه با افراد بومی وجود ندارد و همچنین بخش زیادی از مدخل‌های دانشنامه را مناطق جغرافیایی اعم از ولایت، ولسوالی، منطقه، قریه، پدیده‌های طبیعی چون دره، کوه، رودخانه و آثار باستانی تشکیل می‌دهد؛ بنیاد دانشنامه اقدام به تشکیل گروه‌های منطقه‌ای در سطح ولسوالی کرد. گروه‌های منطقه‌ای ایجادشده در سال ۱۳۹۸ خورشیدی مدخل‌های قریه و برخی مناطق در چاپ اول را بررسی کردند و در این مرحله تعدادی از آن‌ها از طریق گروه‌ها اصلاح و تکمیل شد. یکی از گروه‌های موفق در ویرایش دوم جلد اول، گروه منطقه‌ای ولسوالی میرامور ولایتِ دای‌کندی بود که مدخل‌های قریه این ولسوالی را بازنویسی کرد.
جذب و افزایش مؤلفان دانشنامه
بنیاد دانشنامه بعد از بازنگری‌های کلی و موردی متن جلد اول دانشنامه و برآورد نقدهای چاپ اول بر آن شد که مؤلفان بومی و متخصص را جذب دانشنامه کند. مؤلفان جدید در ویرایش دوم اکثراً از میان افراد بومی مناطق مختلف و متخصص در موضوع مدخل‌هایی هستند که تألیف کردند. این اقدام بنیاد، گام مهم و ارزشمند برای ارتقای کیفی و کمّی تدوین و نگارش مدخل‌ها، استفاده از منابع دست اول در موضوع مدخل‌ها و صحت اطلاعات آن‌هاست.
بنیاد دانشنامۀ هزاره
۸ جدی ۱۳۹۹ خورشیدی / ۲۸ دسمبر ۲۰۲۰ میلادی
؛ گسترش سازمان علمی و مدیریتی){kind=link}